일본여행을 가고 싶은데요... 장소 좀...

 안녕하세요?  일본여행을 생각하고 있는데요.  여행사를 통해서 가기보단,   제가 가고 싶은 곳을 돌아다녀보고 싶은데..  막상 생각해보니   어딜 가야 정말로 일본에 대해서 잘 보고 온 건지...  일본에 가는 방법도 부산에서 배를 타고 전철을 탈 수 있는 방법과 항공편으로 가는 방법 두 가지가 있다고 들었는데요.  맞는지 잘 모르겠네요.  전철과 항공편 둘 중에 어느것이 더 싼지..  그리고 그 두 교통편을 이용해서 어딜 가는 것이 일본을 이해 할 수 있는지 가르쳐 주세요~