韓国外交部は4日、海外旅行の安全情報を掲載している領事コールセンターのホームページに、「日本に居住または訪問予定のある国民は、靖国神社及び日本の右翼団体の集会現場への接近を自制し（中略）、身の回りの安全に最大限の注意を払うよう求める」との告知文を掲載した。また、「在日韓国大使館は日本の警察と接触して（犯行に韓国人が関与したとの報道の）真偽を確認しており、日本の右翼団体の動向を把握している」とした。
さらに、日本を訪問中の韓国人に対しても、「しばらくの間、身の回りの安全に注意してほしい」との携帯電話メッセージを送信した。
日本メディアの報道以降、韓国外交部は事件について「被疑者は特定されていないと理解している」「日本の関係当局の調査を見守る」との立場を取っているが、韓国のネットユーザーの間ではさまざまな憶測が飛び交う事態になっている。今回の報道には次のようなコメントが寄せられた。
「心配しなくたって、まともな韓国人ならそんな所に行かないと思うよ」
「韓国人が何か靖国に用事ある？」
「真偽を確認も何も、日本のメディアはみんな分かってるんだろうから、早く明らかにして！」
「ごみの山にちょっと火をつけたことが、どうしてこんな大騒ぎに？」
「事件は日本の自作自演だと思う」
「何の証拠もないまま嫌韓をあおって、最後はうやむやにするんだろう」
「まさか本当に間抜けな韓国人が、韓国製の電池を使ってやったのか？」
「韓国人がなんでわざわざトイレを狙う？やるなら神社本体だろう」
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