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「日本世記」는『日本書紀』 齊明紀와 天智紀에 分註의 형태로 4군데에 걸쳐 인용되었다. 『日本書紀』에 처음 보이는 日本世記 기사에서 고구려 승려 道顯이 일본세기를 작성하였음을 확인할 수 있다. 「日本世記」의 대략적인 내용은 백제의 멸망을 시작으로 7세기 후반 한반도를 둘러싸고 일어난 사건들에 대한 것이다. 「日本世記」는 중국이나 한반도 자료에는 볼 수 없는 내용도전하고 있어서 그 사료적 가치가 매우 크다.
먼저 齊明紀의 「日本世記」 기사로는 百濟의 멸망을 전하는 기사를 비롯하여 鬼室福信이 왜국에 규해의 송환을 요청하는 기사와 福信이 唐포로를 헌상하는 기사가 있다. 그리고 天智紀에는 藤原鎌足의 사망과 관련하여 도현이 애도를 표한 기사가 있다. 이상의 기사는 『日本書紀』에 인용될 때 분주로 인용되었을 뿐만 아니라 본문으로도 기술되었다.