마닐라의 시가전에 있어서의 필리핀인의 희생은 10만명 이상에도 달했다.
정확한 인원수는 불명하지만, 전후에 개정된마닐라 군사재판에 대해서는,
필리핀 전 국토에서 일본군에 의해서 62,278명의 민간인, 144명의 미국인 장교와 하사관병이 살해되어 488명의 여성이 성적 폭행을 받았다고 고발되고 있다.
그러나, 근년의 연구에 대해서는, 일본군에 학살된 것이 전체의 60%로, 나머지 40%는 미군의 포격에 의한 희생이라고 말해져서,(안)중에는 미군에 의한 희생자가 많았다고의 필리핀측의 지적도 있다.