日本国は、韓国と違って(?)、法治国家なので、
弾道ミサイル防衛(BMD)についても、きちんと法的根拠に基づいて実施されます。
以下、法的枠組みの概要の説明です。
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わが国に武力攻撃として弾道ミサイルなど7が飛来した場合には、武力攻撃事態における防衛出動により対処する。
一方、わが国に弾道ミサイルなどが飛来する場合に、武力攻撃事態が認定されていないときには、<1>迅速かつ適切な対処を行うこと、<2>文民統制を確保することを十分考慮し、以下の措置をとることができる。
ア 防衛大臣は、弾道ミサイルなどがわが国に飛来するおそれがあると判断する場合には、内閣総理大臣の承認を得て、自衛隊の部隊に対し、弾道ミサイルなどがわが国に向けて飛来したときには同ミサイルを破壊する措置をとるべき旨を命ずる8。
イ また、上記の場合のほか、発射に関する情報がほとんど得られなかった場合や、事故や誤射による場合などのように、事態が急変し、防衛大臣が内閣総理大臣の承認を得る時間がないことが考えられる。防衛大臣は、このような場合に備え、平素から緊急対処要領を作成して内閣総理大臣の承認を受けておくことができる。そして、防衛大臣は、この緊急対処要領に従い、一定の期間を定めた上で、あらかじめ自衛隊の部隊に対し、実際に弾道ミサイルなどがわが国に向けて飛来したときには同ミサイルの破壊措置をとるべき旨を命令しておくことができる。
(図表III―1―2―11参照)

http://www.clearing.mod.go.jp/hakusho_data/2012/2012/html/n3125000.html
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つまり、武力攻撃に当たると認定できない場合、日本国の領域内に飛来するおそれがあるときでないと、破壊措置命令は出せません。

単に宇宙空間を通過する場合まで迎撃することになると、
常時、大量に宇宙空間を通過する人工衛星も迎撃することになるからですwww
なお、宇宙空間については、宇宙条約には定義がありませんが、
カーマン・ライン=地上100kmが境界の目安とされています。