죠몽과 아이누의 관계를 생각한다
우선은 죠몽인의 모계 미토콘드리아 DNA 의 확인 (하 프로 그룹 Y가 존재하지 않는 것에 주목)
1 만년 이상 계속 된 죠몽 시대 미토콘드리아 DNA도 지역에 의해서 차이가 있다가,
N9 (와)과 M7a 2개의 어느 쪽인지가 대부분을 차지하고 있는 것은 공통되고 있다.

그 죠몽 유전 요소를 가장 많이 계승하고 있는 것이 아이누 민족
100% 아이누> 류큐 오키나와> 본토 일본인 > 한국인 >0%
2019년 일본 정부도 아이누 민족을 선주 민족으로서 정식으로 평가하고 있다. 아이누 신법
한편으로 아이누는 선주민은 아니라고 반대 의견을 가지는 사람도 있다. 부정파
그 증거로 미토콘드리아 DNA의 차이를 나타내 온다.
홋카이도 시대구분 죠몽속죠몽 문화 7 세기 사츠몬 문화 13 세기 아이누 문화
( 5 세기부터 9 세기 Okhotsk 문화 )

원 그래프왼쪽에서
죠몽속죠몽 Okhotsk 문화 근세 아이누 (에도) 현대 아이누
최초의 그림, 제일 왼쪽의 원 그래프를 보고 알도록(듯이), 죠몽 유적으로부터 출토한 고인뼈에서는 아이누 민족에게 보여지는
미토콘드리아 DNA Y 하지만 전혀 없다.
미토콘드리아 DNA의 변화를 보고 아이누가 침략자이다고 생각하는 사람도 있다.
덧붙여서 죠몽 DNA를 많이 계승하고 있는 오키나와 류큐도 Y가 없다. (홋카이도 죠몽으로 보여지는 G1b도 대부분 없다)

5 세기부터, 아이누가 캄챠카 반도 가라후토 Okhotsk 연해 근처의 선주민과 혼혈 해 DNA 를 계승하고 있는 것은 확실할 것이다.
13 세기까지, 니브후원몽골의 공격으로부터 도망친 소수민족등의 혼혈도 안에는 있었을지도 모른다.
미토콘드리아하 프로 그룹 토호쿠 홋카이도 관동 jomon Okhotsk
AI (아이누 ) MJ (본토 일본인 mainland Japanese ) Ry (오키나와 Ryukyuan ) Ko (Korean )
Okhotsk (와)과 Ainu (은)는 하 프로 그룹 죠몽에 없다 Y (와)과 홋카이도 죠몽 밖에 없는 G의 비율이 굉장히 크게 죠몽과는 완전히 다르다
현대 아이누 ≠ 선주민 부정파가 좋아하는 주성분 분석

그러나, 미토콘드리아 DNA도 Okhotsk인의 Y가 들어 오는 것만으로, 죠몽계가 사라진 것은 아니다.
m7a n9b 고빈도로 보여지고 있고 현대 아이누가 죠몽을 계승하고 있는 것은 틀림없다.
죠몽=아이누는 아니지만, 아이누 문화가 13 세기 이후에서도 700년 계속 되고 있는 문화인 것은 틀림없다.
700년 이상 계속 되고 있는 문화는 본토에서도 꽤 찾아내기 힘들다. 아이누가 선주민이라고 규정해도 별로 문제 없다고 생각하고 있다.