일본에서는 1523년에 감합을 둘러싸호소카와씨와오오우치씨가 각각 파견한조공사절이절강성영파에서 싸우는영파의 란(영파쟁공사건)이 일어나, 감합 무역이 두절 하면 왜구를 통한 밀무역이 활발하게 되어, 한층 더 중앙에서 떠난오닌의 란에 의해 혼란 상태가 돌아오면, 다시 왜구의 활동이 활발해진다.
후기 왜구의 중심은 나무역을 실시하는중국인이었다고 여겨져, 「명사」일본전에도진 야마토(진짜 일본인)는 10중 3이다고도 기술되고 있다.
다만 적으면서 이것들 일본인은, 당시 일본이전국시대인 것으로부터 전쟁 익숙해져 한 것이 많아, 전쟁의 선두에 서거나 지휘를 맡는 것으로 왜구의 무력 향상에 이바지하고 있었다.
이 시기도 계속해서명왕아침은해 금정책에 의해 나무역을 제한하고 있어, 이것에 반대하는중국이나 조선의 상인들은일본인의 모습을 흉내내고(가짜야마토),절강성의쌍서나푸젠성남부의 월항을 거점으로 했다.
이것들후기 왜구는 연안부의 유력향신과 결탁해, 후기에는포르투갈이나 에스파니아(스페인)등의 유럽인이나, 일본의하카타상인도 관련되고 있었다.
후기 왜구의 두목에게는,중국인의왕직이나서해,이 대머리,허동등이 있어, 왕직은 일본의오도 열도등을 거점으로 타네가시마에의총포 전래에도 관계하고 있다.