東海道新幹線「のぞみ」の場合、東京都区内-名古屋市内は自由席10360円(現行比+290円)、指定席11090円(現行比+310円)になる。また、東京都区内-大阪市内は自由席13620円(+380円)、指定席11450円(+400円)になる。
JR東海など5社が10円刻みでの均一運賃を申請したのに対し、JR東日本だけが1円刻みと10円刻みの二重運賃を申請した。

JR東日本では、紙の切符を使用する場合の初乗りを一律140円、ICカード(定期券使用を除く)を使用する場合の初乗りを133円または144円にする。

このように、JR東日本では紙の切符とSuicaなどICカード(定期券使用を除く)で運賃を別体系にする。これにより、区間によってどちらかが安くなったり、高くなったりすることになる。

東京周辺の電車特定区間・山手線エリア(紫色で示した駅)では、いかなる場合でもICカード(定期券使用を除く)の方が安くなる。一方、東京郊外や仙台地区や新潟地区を含め、幹線・地方交通線エリアでは乗車区間によって、運賃の逆転が発生する。

運賃の逆転現象は、電車特定区間・山手線内エリアでは紙の切符の運賃を「切り上げ」るものの、幹線・地方交通線エリアでは紙の切符の運賃を「四捨五入」するために発生する。

JR東日本では、「新宿(電車特定区間エリア)から湘南新宿ラインなどで大宮(電車特定区間エリアと幹線エリアの境界駅)まで行く場合はICカードの方が6円安くなる。一方、大宮の一駅先、土呂(幹線エリア)まで行く場合は紙の切符の方が3円安くなる。」等の例を紹介している。なお、JR東海会社線へ乗り越す場合など、ICカードが使えない場合は、紙の切符のみの取り扱いになる。

駅の運賃表に関しては、従来通り、路線図上に紙の切符を買う場合の金額を表示する。その横にICカード利用時の読み替え表を掲示することで対応する。
ICカードはJR旅客6社全社で導入されているが、JR東日本と同様に大都市圏を抱えるJR東海やJR西日本は、従来通りの均一運賃を採用すると発表している。
http://www.jreast.co.jp/press/2013/20131209.pdf